Una de las mejores formas de hacer caer un servidor es con un DDoS o Ataque de Denegación de Servicio Distribuido este es un ataque coordinado de varias muchas veces miles de maquinas intentando entrar a tu servidor lo que hace que este se bloquee y ademas agota el uso de Banda de Ancha mensual.

En LINUX la mejor forma es usando el modulo de Apache mod_evasive el cual detecta este tipo de ataques de la siguientes formas:

Muchas peticiones de un mismo child por segundo.
Solicitudes a una misma pagina muchas veces por segundo.

Automáticamente mod_evasive bloquea este tipo de ataques y banea temporalmente las IP’s de los atacantes.
mod_evasive es desarrollado por Jonathan A. Zdziarski y lo puedes descargar desde aquí.

Con esto no quiero decir que estas 100% seguro e inmune a un ataque DDoS o de otro tipo pero el mod_evasive evita de alguna forma que tu servidor sea mas vulnerable.